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頂尖大學（五年五百億）計畫的第二階段評鑑結果在春節前出來，
摘錄如下。（資料來源：2008.2.05 教育部新聞稿http://epaper.edu.tw/news/970205/97020505.htm）


 一、11校獲補助，總經費96.5億元：「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」第2梯次共有32所學校提出申請，包括第1梯次 獲補助12校及20所新申請學校。根據各校量化指標及質化指標評分結果，共有國立臺灣大學、國立成功大學、國立清華大學、國立交通大學、國立中央大學、國 立中山大學、國立陽明大學、國立中興大學、國立臺灣科技大學、長庚大學及國立政治大學等11校獲選為本梯次補助學校，補助方式係採統塊式核給（block -funding），至於補助金額則考量各校95、96年度考評結果、學校計畫、簡報內容及未來發展潛力後，分配如下：

校名	台大	成大	清大	交大	中央	中山
補助額度（億元）	30	17	12	9	7	6
校名	陽明	中興	臺科大	長庚	政大
補助額度（億元）	5	4.5	2	2	2

二、另一方面，考量國立臺灣海洋大學、元智大學、高雄醫學大學、中原大學等4校通過初審之學校，其所規劃之部分重點領域，能與未來發展趨勢與學校特色有所契合，爰提供4校部分經費，共3.4億元（另保留1千萬元為業務費），重點補助學校發展如下：

校名	元智	高醫	海洋	中原
補助額度（億元）	0.9	0.9	0.9	0.7
發展重點	燃料電池	環境醫學	水產生物科技	薄膜

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