內容由發生在東京蒲田車站的一起兇殺案開始，兇手手段極為兇殘，死者的臉部遭到重擊以致無法辨識身份。事發前曾有目擊者指稱，死者與年輕的兇手曾在一起以東北方言交談，並從兇手口中聽到疑似"龜田(kameda)"的地名或人名。

故事主軸大致分為兩條主線，一線是以東京警視廳搜査一課的刑警所進行的調查為主，另一線是以包括前衛作曲家以及樂評等人的新式團體為主。

一開始兩線似乎沒有直接的交集，雙方各自在其領域中發展演繹，刑警的調查工作陷入僵局，可查線索非常少，但後來查出了死者的身份，這原本看似不相干的線也逐漸開始相交，最終合而為一，兇手輪廓逐漸清晰。

砂之器中也包含了不少的面向，如日本的方言分布、音樂音響、男女感情，以及到現在仍然受到歧視的痲瘋病，松本清張作品一個特點，便是融入了大量當時的社會現況，使其作品跳脫出一般推理小說的框架，放大了格局。

人的命運真是無常？死者一生行善，是個鄰里公認的大好人，但所做的其中一件"善事"，卻導致他日後死於非命。終其一生汲汲營營，卻仍難逃命運擺弄？作品中各個不同階層人物終究只是平凡的普通人罷了，在外表以下，各自有其不為人知的一面，人不只有一個面向，人的心才是最為複雜的世界。

作品中主人翁為擺脫自己的出身費盡心思，用盡各種方法手段，終將到達人生的巔峰之際，仍如構築在沙灘上用砂堆積成的雄偉城堡一般，一瞬間便消逝於廣闊大海的侵蝕之中。