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根據最高法院民事判決86年度台上字第65號，在專利侵權民事訴訟中，對於專利侵權行為的事實，法院應該自行認定。雖然有鑑定報告做為裁判的基礎，但法院須論述為何採用此鑑定報告的內容，不應不討論報告的內容，而直接採信以做為事實認定的依據，因為鑑定報告不能取代法院認定事實的責任。甚至，根據最高法院民事判決95年度台上字第1886號，法院在面對被控侵權物遺失的情況下，仍應就現有的侵權鑑定報告予以證據調查，而傳喚鑑定人到庭接受詢問以釐清爭議的事實，並再以詢問所得的證詞為法律論證的依據。

其次，根據最高法院民事判決95年度台上字第1663號，法院在審理案件時，若不自囑託鑑定機構進行專利侵權鑑定，法院應該實際斟酌當事人所提出的鑑定報告，而若僅以鑑定報告是當事人自行委託為由而不採用該鑑定報告的內容，則法院所做出的判決是不適法的。


再者，根據最高法院民事判決95年度台上字第736號，在專利侵權民事訴訟中，法院必須說明其取捨當事人所提出的鑑定報告原因，否則在未討論所有證據而得到判決意見的情況下，此將被視為「判決不備理由」之違法。另根據最高法院民事判決92年度台上字第1479號，如果法院遇到所使用的鑑定報告間發生矛盾的意見時，其應徵詢第三個鑑定機構的意見。


而在專利侵權訴訟程序中，儘管是當事人雙方協商所委託的鑑定機構而得的鑑定報告，此鑑定報告的結論並非法院判斷被控侵權物是否為系爭申請專利權範圍所涵蓋的唯一證據，根據最高法院民事判決95年度台上字第1857號，法院仍然應聽取有不同意見的當事人對鑑定報告的陳述。此外，此不同意鑑定結果的當事人可另委託其他鑑定機構，以對該份鑑定報告提出意見書。而法院與此時應將該意見書視為一種書證，並納入論證是否成立侵權行為的一部份。


此外，根據最高法院民事判決95年度台上字第1177號，關於發生在本案前的他案判決的證據能力，如果訴訟標的相同且他案判決所依賴的主要事實認定亦相同（例如鑑定報告），則在本案中，他案內所確定的事實認定是具有證據能力的。然而，本案的承審法院仍可決定是否採用做為判決的依據，亦即，本案法院可做出與他案法院相反的判決，但本案法院必須要討論不採他案中利於本案敗訴一方的證據的原因。